根腐病是全世界农作物生产中的毁灭性病害，分布广、危害重，防控困难。由于农田复种指数高、作物重迎茬普遍，根腐病在我国危害尤为严重，年均损失达15%—30%。由于对病菌致害成灾机理缺乏了解，限制了根腐病防控技术的研发。

作为国家大豆产业技术体系的岗位科学家，南京农业大学教授王源超深入田间解决生产问题，推动了理论应用的发展，促进了我国大豆病害防控水平的提升。连续近20年的跟踪调查，明确了大豆根腐病菌的群体毒力特征，建立了大豆对根腐病的抗性鉴定技术体系，被农业农村部确定为国家大豆良种联合攻关中大豆对疫霉根腐病抗性鉴定的唯一指定单位。

通过产学研合作，王源超与企业合作研发登记了大豆根腐病种衣剂及配套的轻简化使用技术。依托主持的国家研发计划“大豆化肥农药减施技术集成研究与示范”项目，集成了“一拌（种）一封（闭除草）一喷（多防）”的大豆病虫草害绿色综合防控技术模式，在我国大豆主产区等得到了大面积应用推广，大豆药肥减施增效取得良好成效。“大豆苗期病虫害种衣剂拌种防控技术”入选2023年农业农村部农业主推技术，2024年又入选农业重大引领性技术。

王源超潜心学术研究，在国内外植物病理学和植物免疫学领域，取得了系统性的原创成果。他提出了植物在不同细胞空间对病菌“分层免疫”的植物免疫学新概念，引领了植物—病原互作理论的新发展。他带领团队经过反复培养、提取、验证，于2015年从引起大豆根腐病的大豆疫霉菌中鉴定到一个核心致病因子——糖基水解酶XEG1。随后又经过三年时间对植物细胞膜上约400个受体蛋白进行大规模筛选，成功鉴定到XEG1的植物识别受体——跨膜蛋白 RXEG1。该受体蛋白应用在大豆、棉花和小麦等植物上能够对多种病害具有广谱抗病性，并获授权中国和美国发明专利，对植物抗病工程的分子设计具有理论和实践价值。由于其出色的研究成果，2023年获得全国创新争先奖。

王源超在做好科学研究的同时，注重青年学者培养，拥有出色的学术领导力。“我们只是将别人坚持不下去的事情坚持了下来。”从破解植物病害防控难题，到引领国际学术话语权，作为这支作物病害研究团队的“掌舵人”，王源超跟他的团队成员说，“做科研一定要耐得住寂寞，这是我的导师陆家云先生当年对我说的，这也是我们团队咬定目标，持续努力到取得今天成绩的关键。”